Если в 1 и 2 героический/негодяйский подходы периодически давали отличающиеся результаты при прохождении и переходе истории в следующую часть, т.е. после соответствующего прохождения в МЕ1 уже в МЕ2 можно было заметить различия (не сильно глобальные, но явные) в героической/негодяйской версии продолжения, то в МЕ3 эти различия сведены к минимуму: несколько отличающимися диалогам и большим/меньшим силам "добытых" войск. Единственное явное сюжетное отличие - это излечение генофага с перспективой возврата былой мощи кроганов (ещё и с сильно разными лидерами) или же не излечение генофага и фактическое уничтожение данной расы. Уничтожение/перезапись гетов-еретиков, выпиливание/отпускание королевы Рахни и разрушение/сохранение Базы Коллекционеров ни каких глобальных отличий на прохождение не оказали, т.е. фактически почти все предыдущие значительные решения и действия ГГ были сведены к минимуму, чтобы не делать слишком разных сюжетных линий или же более наглядно подчеркнуть всю тщетность ранее приложенных усилий или же сценаристы МЕ3 просто банально проигнорировали явные сюжетные завязки и написали сценарий на "чтобы отстали".
С Базой Коллекционеров да и со Жнецами в сюжете обошлись уж совсем странно: Если королева Рахни была заменена на псевдо-королеву, а Геты как бы были сокращены численно (что всё равно ни как не повлияло на их войнушку с кварианами), то База фигурирует в одном-двух диалогах с Призраком и не много влияет на пересчёт боеготовности и итог финала, разве что "Цербер" кое-что от туда позаимствовал (вне зависимости от её подрыва/сохранения). Странно что Призраку не пришло в голову перетащить эту базу к себе поближе, что могло добавить в игре миссию по её захвату и присоединению к флоту. Так же, при определённых обстоятельствах, ГГ вместо нахождения под арестом в Альянсе, мог бы вернутся в "Цербер" и начать игру уже от туда, собирая флоты и заключая союзы уже от имени "Цербера", но увы...
Жнецы в МЕ1-2 "ведут" себя достаточно осторожно и деятельность их эмиссаров (засланных казачков) больше похожи на разведку с выяснением текущей обстановки, прощупыванием вероятного противника и нахождением союзников/ресурсов для ведения войнушки. В МЕ 3 мы видим: что Жнецы обладают колоссальной военной мощью; могут по быстрому и почти из кого угодно наделать боевых юнитов; циклично и в строго установленные промежутки времени устраивают Жатвы, не особо глядя на прогресс/регресс цивилизаций и наличие/отсутствие войн между органиками и синтетиками (эти войнушки как бы по умолчанию должны быть в каждом цикле Жатвы), причём делают это по указанию некого божества, которое не понятно от куда на них свалилося, чтобы просто организовать ротацию (обновление) цивилизаций. И к чему была вся эта осторожность при такой-то военной махине?
В МЕ1 выяснилось, что именно люди являются для Жнецов самыми опасными противниками; в МЕ2 Коллекционеры фактически готовились к эффективной войне с людьми; в МЕ3 происходит нападение сразу на всех и вся, при этом сильно "распыляется" боевая мощь, вместо того, чтобы всеми силами жахнуть по людям и этим гарантировать успешность дальнейшей Жатвы... Тактический ход с навязыванием войнушки всем основным цивилизациям тож с треском провалился, т.к. не смотря на набегающего северного пушного зверька, они таки измудрились выделить войска и ресурсы для снятия оккупации Земли. ИМХО крайне не последовательно и не логично.
Было бы совсем другое дело, если бы Жнецы ограниченными силами вторглись в человеческие миры и незначительными силами атаковали домашние миры других основных рас - вот тогда весь сюжет мог стать на много последовательнее и логичнее, поскольку это предполагает ту же помощь в решении локальных военных и иных проблем различных рас, с целью получения поддержки, войск и ресурсов для изгнания Жнецов уже из человеческих миров, после чего в МЕ4 (да-да, раскатал губу максимально как смог ) под руководством ГГ нанести удар войсками объединённых рас по мирам Жнецов и выпилить их к ихней же матери... но уже не судьба.

Уничтожение и Контроль будут в вариантах плохой/хороший (зависит от силы боеготовых войск), а вот Синтез при любом раскладе будет без вариантов. "Правильный"/"Моральноудовлетворяющий" финал тут отсутствует полностью (из-за чего и срачи), вместо него теперь финал который был выбран игроком, т.е. все финалы правильные, но не всех устраивают.